सोडियम हाइपोक्लोराइट जनरेटर का उपयोग माध्यमिक जल आपूर्ति उपचार के लिए किया जा सकता है
कब सोडियम हाइपोक्लोराइट पानी के संपर्क में आने पर यह हाइड्रोलाइज होकर हाइपोक्लोराइट और हाइपोक्लोराइट आयन बनाता है। उनमें से, हाइपोक्लोराइट में मजबूत ऑक्सीकरण गुण होते हैं और यह बैक्टीरिया (वायरस) के प्रोटीन और अन्य एंजाइम सिस्टम को नष्ट कर सकता है, जिससे रोगजनक सूक्ष्मजीव मर जाते हैं। अवशिष्ट क्लोरीन के साथ निरंतर कीटाणुशोधन प्रभाव, सरल ऑपरेशन, तरल क्लोरीन की तुलना में अधिक सुरक्षित और सुविधाजनक, और ब्लीच पाउडर की तुलना में सस्ता।

क्लोरीन गैस कीटाणुशोधन की तुलना में, सोडियम हाइपोक्लोराइट में कम सुरक्षा जोखिम होते हैं, मानव जीवन सुरक्षा के लिए कोई रिसाव खतरा पैदा नहीं होता है, और विषाक्त या हानिकारक उप-उत्पादों का उत्पादन नहीं करता है। अध्ययनों से पता चला है कि सोडियम हाइपोक्लोराइट कीटाणुशोधन के दौरान, फैक्ट्री के पानी में डाइक्लोरोएसेटिक एसिड (डीसीएए) तरल क्लोरीन कीटाणुशोधन की तुलना में कम होता है, जबकि ट्राइक्लोरोएसेटिक एसिड (टीसीएए) मूल रूप से समकक्ष होता है। जब सोडियम हाइपोक्लोराइट का उपयोग कीटाणुशोधन के लिए किया जाता है, तो फैक्ट्री के पानी में ट्राइहैलोमेथेन (टीएचएम) तरल क्लोरीन से कम होता है, और कार्बन टेट्राक्लोराइड (सीसीएल4) मूल रूप से दोनों के बराबर होता है। कुल मिलाकर, सोडियम हाइपोक्लोराइट कीटाणुशोधन उप-उत्पादों की मात्रा तरल क्लोरीन की तुलना में कम है।